Per definizione le malattie croniche non trasmissibili (NCDs) rappresentano condizioni cliniche o patologie non infettive e non trasmissibili da un individuo all'altro. Una fisiologica e bilanciata colonizzazione post-natale del microbiota intestinale risulta essenziale per lo sviluppo di risposte immunitarie innate e adattative e soprattutto per garantire l'omeostasi in epoche successive della vita. Benché non vi siano parametri per definire le caratteristiche di un microbiota umano "normal healthy", studi osservazionali mostrano che alterazioni quali-quantitative del microbiota (disbiosi) sono associate a varie malattie croniche non trasmissibili. In particolari condizioni di disbiosi (bambini nati da parto cesareo, pretermine, sottoposti a uso eccessivo di antibiotici), i 1.000 giorni che vanno dal concepimento ai 2 anni di vita rappresentano un periodo critico ("finestra" di vulnerabilità e di opportunità) per modulare favorevolmente la composizione del microbiota intestinale e ridurre il rischio di sviluppare NCDs.